Berdasarkan visi dan misi maka tujuan (strategic goals) Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman  adalah menghasilkan lulusan dengan kualifikasi sebagai berikut :

1. Berjiwa Pancasila, beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, bersifat terbuka, tanggap  baik terhadap perubahan dan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi maupun permasalahan yang dihadapai oleh masyarakat, khususnya yang berkaitan dengan  Kesehatan Masyarakat
2. Menguasai dasar-dasar ilmiah dan pengetahuan serta metodologi bidang kesehatan masyarakat sehingga mampu menemukan, memahami, menjelaskan dan merumuskan cara penyelesaian masalah yang ada di dalam kawasan keahlian Kesehatan Masyarakat, melalui kegiatan perencanaan, implementasi dan evaluasi program yang bersifat preventif dan promotif tanpa mengabaikan upaya kuratif dan rehabilitatif
3. Mampu menerapkan pengetahuan dan keterampilan teknologi yang dimilikinya sesuai dengan bidang keahliannya dalam kegiatan produktif dan pelayanan kepada masyarakat
4. Mempunyai prilaku sosial kemasyarakatan sehingga mampu berinteraksi dalam kehidupan bermasyarakat sesuai dengan profesi kesehatan masyarakat
5. Mampu mengelola upaya kesehatan masyarakat dengan menggunakan berbagai pendekatan dan berbagai sumber daya yang tersedia dalam rangka meningkatkan derajat kesehatan masyarakat
6. Mampu mendidik dan memberdayakan masyarakat untuk meningkatkan taraf kesehatannya
7. Mampu mengikuti dan mengaplikasikan perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi bidang Kesehatan Masyarakat