Di awali Tahun 2004, beberapa praktisi kesehatan mulai merasakan adanya kebutuhan terhadap tenaga-tenaga kesehatan masyarakat, terutama untuk mengatasi permasalahan kesehatan yang ada di Samarinda dan Kalimantan Timur pada umumnya. Kemudian, dipelopori dan diinisiasi oleh beberapa Dosen FKIP kemudian direspon oleh Rektor Universitas Mulawarman dengan membuka Konsentrasi Ilmu Kesehatan Masyarakat di bawah Fakultas Kedokteran Universitas Mulawarman.

Pada Tahun 2004 Pemerintah Kota Balikpapan dan Dinas Kesehatan Provinsi Kalimantan Timur memberikan dukungan pembukaan Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat jenjang strata 1(S1) di Universitas Mulawarman Samarinda dalam rangka peningkatan sumber daya manusia dalam bidang kesehatan, masing-masing melalui surat rekomendasi nomor 460/1024/Bagsos.2/XI/2004 dan nomor 848/718/PSTK-2/2005 Pada tanggal 7 Juni 2004 Konsentrasi Ilmu Kesehatan Masyarakat dibuka berdasarkan Surat Keputusan Rektor Universitas Mulawarman No.154/OT/2004tentang Pembukaan Konsentrasi Ilmu Kesehatan Masyarakat S1 pada Program Pendidikan Dokter Universitas Mulawarman. Berdasarkan hal tersebut, Konsentrasi Kesehatan Masyarakat berada di bawah naungan Program Studi Kedokteran Universitas Mulawarman. Pada bulan Juni 2004, kuliah perdana mahasiswa Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman dilaksanakan, kelas angkatan I dibagi menjadi 2 kelas, yaitu kelas A terdiri dari 50 orang dan kelas B terdiri dari 50 orang.

Pada tahun 2005, status Konsentrasi Ilmu Kesehatan Masyarakat berubah menjadi Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat yang disetujui oleh Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi (DIKTI) dengan Nomor 2055/D/T/2005 dengan jenjang pendidikan Strata Satu (S1). Pendirian Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman dilatarbelakangi oleh beberapa pandangan strategis yaitu masalah globalisasi, otonomi daerah, pembangunan kesehatan dan kemandirian Perguruan Tinggi.

Pada Tahun 2007, Ijin penyelenggaraan Program Studi Ilmu Kesehatan Masyarakat diperpanjang oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi melalui Surat No.1413/D/T/2007 Tanggal 8 Juni 2007 tentang Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan Program Studi IKM pada Universitas Mulawarman.

Pada 22 Mei 2008 Up.Fakultas Kesehatan Masyarakat memperoleh peningkatan status dari Unit Pelaksana Teknis (Up), menjadi Fakultas Kesehatan Masyarakat melalui Surat Keputusan Rektor Universitas Mulawarman No. 230/DT/2008 atas persetujuan Dirjen Dikti tentang Peningkatan status Program Studi Kesehatan Masyarakat menjadi Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman. Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman telah terakreditasi Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi Republik Indonesia berdasarkan BAN-PT No.447/SK/BAN-PT/Akres/S/XI/2014 dengan peringkat akreditasi B dengan nilai 321.

Pada 29 Mei 2019 Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman telah terakreditasi Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia berdasarkan LAM-PT Kes No.0689/LAM-PTKes/Akr/Sar/XI/2019 dengan peringkat akreditasi B .

Sampai saati ini Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman telah memiliki 2 program studi, yaitu : Sarjana Kesehatan Masyarakat (SKM) dan Magister Kesehatan Masyarakat (MKM)

Kepemimpinan (Dekanate) di FKM Unmul, sejak mulai berdiri pada tahun 2004 hingga saat ini Fakultas Kesehatan Masyarakat telah memasuki 5 periode pergantian kepemimpinan yaitu sebagai berikut :