Berdasarkan visi dan misi maka tujuan (strategic goals) Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman  adalah menghasilkan lulusan dengan kualifikasi sebagai berikut :

1. 1. Sebagai Pusat Pendidikan Kesehatan Masyarakat
   FKM Universitas Mulawarman, dengan penggunaan Kurikulum Berbasis Kompetensi serta didukung dengan fasilitas belajar mengajar yang memenuhi persyaratan “learning”, meliputi laboratorium kesehatan masyarakat, jaringan kerjasama nasional, yang seluruhnya ditangani dan dilaksanakan oleh tenaga pengajar yang tepat. Selain itu, FKM Universitas Mulawarman juga mengemban kewajiban dalam mempercepat pencapaian tujuan mencerdaskan masyarakat dalam pembangunan kesehatan melalui peran sebagai institusi yang dibutuhkan peran sertanya dalam peningkatan pendidikan di wilayah Kalimantan. FKM Universitas Mulawarman memberi peran pada mahasiswa untuk mengembangkan dan mengapresiasikan pendidikan yang diperoleh dalam bentuk penyelenggaraan kegiatan-kegiatan pengabdian
    
2. 2. Sebagai Penyelenggara Penelitian
   Penelitian akademik merupakan ciri utama penelitian perguruan tinggi, sebagaimana diatur dalam ketentuan Pasal 3 ayat (2) Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 1999 tentang Pendidikan Tinggi. Oleh karena itu, penelitian akademik dirasa penting dalam penyelenggaraan penelitian di Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Mulawarman. Pengembangan penelitian juga didasarkan pada kebutuhan strategi promotif dan preventif masalah kesehatan masyarakat. Secara khusus, FKM Universitas Mulawarman mengembangkan kajian untuk pemahaman isu-isu utama lokal dan regional. Pencegahan dan penanggulangan masalah kesehatan masyarakat yang dilaksanakan dalam bentuk kontrak kerjasama pengembangan penelitian secara lintas sektor, seminar dengan Pemerintah Daerah (Badan Perencana Pembangunan Daerah) dan Dinas Kesehatan Propinsi dan Kabupaten secara sistematis. Upaya meningkatkan kualitas pembelajaran,
    
3. 3. Sebagai Pengabdian yang Profesional
   Kegiatan pengabdian kepada masyarakat merupakan bagian tak terpisahkan dari Tri Dharma Perguruan Tinggi. Kegiatan ini menjadi sebuah tolok ukur seberapa jauh sebuah perguruan tinggi memberikan sumbangan kepada masyarakat dalam memberikan sumbangsihnya. Pengabdian kepada masyarakat adalah pengamalan ilmu pengetahuan teknologi dan seni (IPTEKS) yang dilakukan oleh civitas akademika secara kelembagaan bagi masyarakat yang membutuhkan upaya pemberdayaan. Pemberdayaan masyarakat adalah upaya untuk meningkatkan harkat dan martabat manusia guna memperbaiki kualitas hidup. Berdasar kurikulum yang telah dikembangkan di FKM Universitas Mulawarman, mahasiswa yang telah sesuai dengan syarat dan ketentuan untuk melaksanakan pengabdian masyarakat yaitu kegiatan yang berfokus pada pemahaman, pencegahan, dan penanggulangan masalah kesehatan masyarakat secara spesifik yang ditunjukkan dengan adanya
    
4. 4. Sebagai Pemberdayaan Civitas Akademik
   Pemberdayaan civitas akademik dapat berupa pembinaan dan pemberdayaan keilmuan yang langsung diterapkan. Civitas akademik di sediakan lembaga untuk mengaktualisasikan kemampuannya dan kurikulum yang ada juga menunjang agar mahasiswa memberdayakan dirinya melalui program Praktek Belajar Lapangan I dan Praktek Belajar Lapangan II. Pada mata kuliah tertentu yang mengharuskan mahasiswa mengaktualisasikan kemampuan dalam pengembangan ilmu yang berkaitan dengan Ilmu Kesehatan Masyarakat. Berkaitan dengan Misi yang diusung FKM Universitas Mulawarman dalam meningkatkan kesadaran masyarakat terhadap nilai kesehatan maka pemberdayaan mahasiswa dan pendidik di arahkan untuk melaksanakan program-program sebagai bentuk pemberdayaan civitas akademik menghasilkan masyarakat lebih sehat. Memberdayakan civitas akademi juga diterapkan dalam penyelenggaraan dan pengembangan penelitian ilmiah yang dapat memberi kontribusi untuk